实验目的:对全基因组DNA样品进行200-500bp区间的均一性片段化处理,以提高后续分析的准确性与可靠性。
实验仪器及材料
1. 实验仪器:本次实验选用三款非接触打断仪器,包括:小美超声-高通量声波基因组剪切仪、bioruptor-非接触式超声破碎仪以及小美超声-聚能式超声波DNA打断仪。2. 实验材料:核酸浓度为160ng/μL的全基因组DNA溶液。
实验步骤
1. 提前15分钟启动三款仪器的冷水机,设置温度为4℃。2. 将每个爱思进品牌的15mL EP管加入100μL浓度为160ng/μL的全基因组DNA溶液。
3. 将装好样品的15mL EP管分别放入三款仪器的适配器当中,其余空余孔位由加同样体积水的15mL EP管补齐。
4. 程序设置:温度4℃,超声工作时间20s,间隔时间10s,总时长分别设为15分钟与20分钟,以进行比较。
5. 完成程序后,取出样品并使用毛细管电泳检测基因组片段化情况。
实验结果
1. 小美超声-高通量声波基因组剪切仪:- 程序设置:温度4℃,超声工作时间20s,间隔10s,总时长15分钟,平均片段大小:3100bp
- 程序设置:温度4℃,超声工作时间20s,间隔10s,总时长20分钟,平均片段大小:3001bp
2. bioruptor-非接触式超声破碎仪:
- 程序设置:温度4℃,超声工作时间20s,间隔10s,总时长15分钟,平均片段大小:4329bp
- 程序设置:温度4℃,超声工作时间20s,间隔10s,总时长20分钟,平均片段大小:4058bp
3. 小美超声-聚能式超声波DNA打断仪:
- 程序设置:温度4℃,超声工作时间20s,间隔10s,总时长15分钟,平均片段大小:3655bp
- 程序设置:温度4℃,超声工作时间20s,间隔10s,总时长20分钟,平均片段大小:3881bp